La autoridad máxima de la Comisión Ejecutiva Hidroeléctrica del Río Lempa (CEL), es la Junta Directiva, la cual se conforma de acuerdo a lo regulado en el artículo 3 de la Ley de CEL, por seis directores nombrados de la siguiente manera, un Director nombrado por el Presidente de la República, quien ejercerá el cargo de Presidente de la Comisión y cinco Directores nombrados por el Órgano Ejecutivo, en los Ramos de Economía, Obras Públicas, Agricultura y Ganadería, Medio Ambiente y Recursos Naturales, y Gobernación y Desarrollo Territorial.
Actualmente la conformación de la Junta Directiva, es la siguiente:
Director Presidente de la Junta Directiva de CEL: Daniel Alejandro Alvarez Campos.
Director nombrado por el Ministerio de Economía: Alicia Rebeca Amaya Dubon.
Director nombrado por el Ministerio de Obras Públicas: Jesús Ernesto Linares Flores.
Director nombrado por el Ministerio de Agricultura y Ganadería: Marlene Jamilet Elías de Quan.
Director nombrado por el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales: Kathy Irene Castro de Morales.
Director nombrado por el Ministerio de Gobernación y Desarrollo Territorial: Francisco Antonio Peña Rodríguez.
